加拿大總理卡尼本週二在達沃斯論壇不點名稱美國及其他強國導致世界秩序大改變，加拿大等中型強國需要尋求新的聯盟組合來對沖，明顯惹來美國不滿， 美國財長貝森特（Scott Bessent）週四在一個美國右派電台中暗示支持亞伯塔省（Alberta）獨立 。
NHK和NTV都在星期三上午引述消息，作出類似報導。《朝日新聞》網站報導，根據國交省正式公開的通訊，航管在5時45分11秒向海保廳飛機發出指示，稱「請行駛至C5滑行道（臨進入跑道前）的停止位置為止」，海保廳飛機在8秒後向航管覆述這個指示。
不過，國交省證實早前海保廳消息人士傳出的消息，指出海保廳機師在發生意外後即時向海保廳通報，他已獲航管批准起飛，才進入跑道。
航管通訊紀錄也顯示，航管明確向日航516客機發出「可以着陸」的指示，5時43分2秒表示「請繼續進入（C跑道）34R跑道（路段）」，10秒後516客機回覆「（JAL 516號飛機）繼續進入34R跑道」，到了5時45分1秒，516客機向航管表示「着陸34R跑道，沒有問題，JAL 516」。
兩架飛機在大概5時47分起火。
運輸安全委員會和警方將要調查，為何航管和海保廳飛機的認知有別，詳細研究當時航管跟這2架飛機的對話。
日航星期三向傳媒表示，他們向客機機師查問，機師表示，他獲航管人員通知可以着陸，他向航管「重覆說出」這個指示，之後才開始降落操作。
日航又透露，意外發生時，飛機的廣播系統不能運作，機組人員需要利用擴音器和自己聲音大叫，指示乘客疏散，利用了3個緊急出口，沒有使用全部8個緊急出口。
日航表示，又起火開始，到機上最後一人離開飛機，前後用了18分鐘。
羽田機場運作受影響，星期三繼續影響全國航空，連陸上交通也大混亂，因為意外適逢元旦假期翌日，不少人在元旦前後回鄉度歲，星期二晚上至星期三早上是從家鄉返回工作地點的繁忙時間。
繼星期二晚有超過100班航班取消後，星期三再有約150班航班取消，大部份是國內線。
由於很多國內航班取消，乘客轉乘火車或巴士。來往關東和關西的東海道新幹線大致上全日滿座，JR東海已事先加開4班東京出發往西行到達新大阪的班次。來往東京和新潟的上越新幹線，不設劃位部份載客率達130%。
部份高速公路路段大塞車，有地方車龍長達25公里。
羽田機場星期二晚已重開其中3條跑道，至於餘下發生意外的C跑道，官房長官林芳正星期三下午表示，國交省正全力工作，盡快重開C跑道，但目前仍不能確定何時能重開。
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