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博格任命受爭議，主要源自他的「反同性戀」立場。
在表決中，２個中右黨團「歐洲人民黨」（ＥＰＰ）及「歐洲保守及改革小組」（ＥＣＲ）都支持同屬中右政治陣營的博格，但２個黨團合共仍不超過議員的過半議席，但２個左翼黨團「歐洲綠黨－歐洲自由聯盟」及「歐洲聯合左翼－北歐綠色左翼（ＧＵＥ／ＮＧＬ，直接點說，近乎是共產黨），以及自由派中右黨團「歐洲自由民主聯盟」（ＡＬＤＥ）都表明全黨反對，而第二大黨團、中左的「進步社會主義及民主聯盟」（Ｓ＆Ｄ）就黨內分歧，黨團官方立場是反對，但容許黨團成員自由投票。結果，在Ｓ＆Ｄ大概２（反對）比１（贊成）的比例投票下，博格的任命僅僅過關。
博格在歐洲議會的任命聽證會上，表現廣獲肯定，被認為對相關政策十分熟悉。但問題出在他對同性戀、墮胎、離婚以及「生命道德」議題的立場，本身是虔誠天主教徒的他被指在這些問題立場十分保守，其中最廣為引述的，是他在２００９年馬耳他國會辯論上，反對同性戀伴侶在政府資助住房及租住房屋權利跟異性戀伴侶享有一樣的待遇。博格亦被指，曾個人支持把反墮胎寫入憲法內，儘管要求憲法限制墮胎的運動失敗告終。
歐盟可說是全球最「反反同」的最大堡壘，最經典的是２００４年，意大利提名的司法專員Rocco Buttigilione因在議會上說了一句「同性戀不是罪行（crime），但這是罪孽（sin）」，惹來歐洲議會各黨團一致譁然，最終專員提名極罕有地撤回，意大利要另行提名人選。
Buttigilione跟博格最不同的地方，在於司法專員負責人權政策，即同性戀者權益直接在司法專員管轄範圍內，因此他出任司法專員，難以令人接受。至於博格將出任的衛生專員，則相對不屬直接處理同性戀權益議題。Ｓ＆Ｄ黨團有成員亦指出，馬耳他這個地中海小國，天主教影響大，全國整體民風偏向保守，而現在又的確由右派執政，看不出該國還可以委任一個在同性戀問題上較不保守的人選，因此倒不如讓博格上任便算。
儘管不如司法專員直接處理同性戀權益，但博格在道德議題的保守立場，仍令外界對他如何處理多項歐盟衛生政策有疑慮，包括：防範性接觸疾病傳染上會否有意無意不利同性戀者？如何處理同性戀者能否捐血？衛生政策亦涉及避孕推廣，而確保歐盟內人民獲得醫療的權利（包括透過歐盟資金資助），包括是否確保有墮胎的權利。
博格的「支持生命」（即美國的pro-life）立場，則涉及另一重要衛生政策：是否批准使用細胞進行科學研究？而這些研究批准與否，又落在衛生專員手中。
更廣泛而言，歐盟執委會是實行集體決策制，決策需要所有專員開會通過，類似議會制中的內閣制度。在近日有關應否對上市公司董事數目設下官方的女性比例要求時，已因為幾名不涉及該政策的歐盟專員反對而有阻滯。因此，有人擔心，就算博格不直接處理相關政策，但其立場仍可能令歐委會就同性戀、墮胎問題等政策偏向保守。