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上面來自法新社的照片中，紅黃間條另加藍底白星的便是加獨運動旗幟——加泰自治區的區旗是另一名旗幟。這張照片已不算突兀，有一些照片可看到，站在最前排的菲利佩六世國王（Felipe VI），背景是有這些加獨照片。據報，有人向菲利佩六世喝倒采，大叫「波旁滾蛋」——目前西班牙王室是「波旁王朝」，與法國１７—１８世紀的國王路易十四屬同一個王室。
在襲擊發生頭一、兩天，中央跟加泰政府尚算能展示團結的一面，首相拉海（Mariano Rajoy）與不少相關中央內閣官員已第一時間趕往巴塞隆拿，拉海也罕有地跟推動加獨公投的加泰地區政府首長Carles Puigdemont舉行聯合記者會，回應襲擊的應對。
不過，當數天後確認已全數拘捕或擊斃相關犯案人士後，中央跟加泰因加獨問題而出現的裂痕立即重新浮現。最明顯是悼念或反恐集會應否展示加獨旗幟的問題，這問題在襲擊翌日已出現，但正如英國獨立報這篇文章所說，國際傳媒只集中報導襲擊及調查本身，只有西班牙人（及／包括加泰人）才會意識到當中若隱若現的加獨爭議。
另一些細節是語言、死傷者身份等。即時應對及調查都由加泰區警察局（名為Mossos D'Esquadra）主導，滙報調查進展的記者會全部以加泰語進行，公佈遇害者身份時，加泰政府把加泰人與西班牙人分開來分類。這些都令西班牙統派很不滿。
更嚴重的是調查。已確定再無疑犯逃脫後，西班牙中央情報及警察機關批評，加泰警察在案發前後都不肯跟中央機關積極合作，加泰政府只希望讓人覺得，只靠加泰警察便可以，這導致案發前已有線報稱被指是案中幕後主腦的伊斯蘭教士有問題，但加泰警方沒有積極跟進，甚至巴塞隆拿汽車撞人襲擊前一天，加泰另一處發生民居炸彈爆炸事件，不跟中央合作令加泰警方未能及時意識到這涉及恐襲大陰謀。
不過，加泰否認這些指控，並反過來說，應讓加泰情報機關跟美國中情局等其他主權國的情報機關有直接連繫，跳過西班牙情報機關。
加泰政府正推動１０月進行獨統公投，一些馬德里報章在襲擊後便立即呼籲加泰擱置公投，以集中精力應付恐襲威脅，但獨派十分不滿，反指這些言論只是把襲擊政治化，企圖透過襲擊的威脅來達到政治目的；又批評如果馬德里真的這麼關心巴塞隆拿襲擊，為何馬德里沒有聲援加泰及巴塞隆拿的大遊行，而２００４年馬德里火車爆炸襲擊後，巴塞隆拿卻迅速有大遊行以示與馬德里團結對付外敵。
文章資料來源：
紐約時報：Barcelona Attacks Add to Tension between Catalonia and Spain
法新社：Controversy mounts over Spain police cooperation after attacks