日本週末期間接連採取兩項行動，對中國擺出強硬姿態，先是外務省向中國發出外交照會，嚴正抗議中國外長王毅在慕尼黑安全會議就日本發表失實言論，然後首相高市早苗週日晚罕見地在X發帖，講述週四拘押闖入日本經濟水域EZZ的中國漁船。
NHK和NTV都在星期三上午引述消息，作出類似報導。《朝日新聞》網站報導，根據國交省正式公開的通訊，航管在5時45分11秒向海保廳飛機發出指示，稱「請行駛至C5滑行道（臨進入跑道前）的停止位置為止」，海保廳飛機在8秒後向航管覆述這個指示。
不過，國交省證實早前海保廳消息人士傳出的消息，指出海保廳機師在發生意外後即時向海保廳通報，他已獲航管批准起飛，才進入跑道。
航管通訊紀錄也顯示，航管明確向日航516客機發出「可以着陸」的指示，5時43分2秒表示「請繼續進入（C跑道）34R跑道（路段）」，10秒後516客機回覆「（JAL 516號飛機）繼續進入34R跑道」，到了5時45分1秒，516客機向航管表示「着陸34R跑道，沒有問題，JAL 516」。
兩架飛機在大概5時47分起火。
運輸安全委員會和警方將要調查，為何航管和海保廳飛機的認知有別，詳細研究當時航管跟這2架飛機的對話。
日航星期三向傳媒表示，他們向客機機師查問，機師表示，他獲航管人員通知可以着陸，他向航管「重覆說出」這個指示，之後才開始降落操作。
日航又透露，意外發生時，飛機的廣播系統不能運作，機組人員需要利用擴音器和自己聲音大叫，指示乘客疏散，利用了3個緊急出口，沒有使用全部8個緊急出口。
日航表示，又起火開始，到機上最後一人離開飛機，前後用了18分鐘。
羽田機場運作受影響，星期三繼續影響全國航空，連陸上交通也大混亂，因為意外適逢元旦假期翌日，不少人在元旦前後回鄉度歲，星期二晚上至星期三早上是從家鄉返回工作地點的繁忙時間。
繼星期二晚有超過100班航班取消後，星期三再有約150班航班取消，大部份是國內線。
由於很多國內航班取消，乘客轉乘火車或巴士。來往關東和關西的東海道新幹線大致上全日滿座，JR東海已事先加開4班東京出發往西行到達新大阪的班次。來往東京和新潟的上越新幹線，不設劃位部份載客率達130%。
部份高速公路路段大塞車，有地方車龍長達25公里。
羽田機場星期二晚已重開其中3條跑道，至於餘下發生意外的C跑道，官房長官林芳正星期三下午表示，國交省正全力工作，盡快重開C跑道，但目前仍不能確定何時能重開。
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