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【本文11月1日上載，11月13日作出更新】
有關爭議在10月爆出，到11月13日，大學校長更宣佈，把涉事的中國研究中心「捷中中心」關閉，即日生效。
爭議涉及兩件事。10月底，網上媒體Aktualne接連爆出，一些唱好中國的學術會議和課程是秘密由中國駐捷大使館付款。當中涉及一些討論中國的學術會議，大使館支付了120萬捷克克朗（約41萬港元／157萬新台幣／36萬人民幣），而大學舉辦了一個講解一帶一路的課程，大使館就支付近7萬捷克克朗（約2.4萬港元／9.2萬新台幣／2.1萬人民幣）。
政府向外國大學提供財政支援，以舉辦課程、會議等活動，來讓該校學生及學者加強認識本國，增進兩國關係，本無問題，查理斯大學這次爭議在於秘密付款，中國大使館是向該校捷中中心主任Milos Balaban自己成立的一間私人公司付款，然後再由該公司轉賬至大學，連大學校方都不知道（至少他們這樣聲稱），表面上這些會議、課程是大學自己主辦。
爭議涉及兩件事。10月底，網上媒體Aktualne接連爆出，一些唱好中國的學術會議和課程是秘密由中國駐捷大使館付款。當中涉及一些討論中國的學術會議，大使館支付了120萬捷克克朗（約41萬港元／157萬新台幣／36萬人民幣），而大學舉辦了一個講解一帶一路的課程，大使館就支付近7萬捷克克朗（約2.4萬港元／9.2萬新台幣／2.1萬人民幣）。
政府向外國大學提供財政支援，以舉辦課程、會議等活動，來讓該校學生及學者加強認識本國，增進兩國關係，本無問題，查理斯大學這次爭議在於秘密付款，中國大使館是向該校捷中中心主任Milos Balaban自己成立的一間私人公司付款，然後再由該公司轉賬至大學，連大學校方都不知道（至少他們這樣聲稱），表面上這些會議、課程是大學自己主辦。
事件曝光後，Balaban已立即辭職。校長更在11月13日決定把捷中中心關閉，理由是該中心的醜聞已打擊整間大學的校譽。而在關閉中心前一週，校方把另外3名有份安排使館秘密付款的職員撤職。
那些會議邀請了很多中國官員及學者出席，更像是中國大使館推介中國政策多過真的討論中國議題；至於那個一帶一路課程，一年前已有人批評是一面倒傾向中國的說法，指示學生閱讀的材料絕大部份由新中國政府的中國學者撰寫，又要求經常閱讀官媒China Daily，但在指示中不見得是要求學生以批判性角度去看，而親自任教的Balaban據報曾在課堂中說過，他認為一帶一路不是中國的獨唱，而是各國一同的協奏曲——這一句是習近平曾在演說中說過的一句話，而中國官媒自此也反覆以「協奏曲」來形容一帶一同獲多國支持，其決策多國參與討論，而非中國主導。同時，校方又會從這個課程挑選優秀的學生參加中國交流團，到中國考察，但同樣地，表面上中國政府好像只是協辦，但參加了的學生說他們一開始就獲告知交流團中國政府舉辦。
必須強調，對捷克來說，他們的學生多點認識中國，不是壞事，而曾上該課程的學生的看法也是好壞參半，有學生不覺是洗腦，但問題在於中國政府的秘密之手，不直接向大學轉賬，只會令人增加疑慮，是否有不可告人的目的？透明度低也衍生很多問題，例如對大學來說，Balaban有否利用自己的私人公司暗底裏從舉辦這些活動而獲得私利？
在10月中旬，查理斯大學剛好發生另一項爭議，校方原本考慮貸款公司Home Credit的贊助，每年50萬捷克克朗（約17萬港元／65.5萬新台幣／15萬人民幣）。此事引起極大爭議，因為Home Credit屬於富商Petr Kellner的PFF集團，除了貸款公司的形象有問題之外，Home Credit及PFF很多其他屬下公司有大量中國業務，十多年前已進軍中國，當時獲中國政府協助下成功打入中國市場，因此大家很合理地懷疑，一旦收這筆捐款，Kellner會施壓阻止校方一些批評中國的研究活動。
查理斯大學不單是捷克最大、最享負盛名的大學，而且創立於1348年，是中歐最古老的大學，在整個中歐地區的地位都很高。
有趣的是，查理斯大學有兩個跟「中國」有關的研究中心，一個是似乎親北京的捷中中心（下面是該中心的活動的照片，來自該中心網站），另一個是較早創立的「蔣經國國際漢學中心」，由蔣經國國際學術交流基金會資助，較親臺（文首圖片為這個中心一個活動的宣傳海報，來自該中心網站）。事實上，查理斯大學內研究中國及漢學的學者，不少是對中共政權持強烈批評態度。
那些會議邀請了很多中國官員及學者出席，更像是中國大使館推介中國政策多過真的討論中國議題；至於那個一帶一路課程，一年前已有人批評是一面倒傾向中國的說法，指示學生閱讀的材料絕大部份由新中國政府的中國學者撰寫，又要求經常閱讀官媒China Daily，但在指示中不見得是要求學生以批判性角度去看，而親自任教的Balaban據報曾在課堂中說過，他認為一帶一路不是中國的獨唱，而是各國一同的協奏曲——這一句是習近平曾在演說中說過的一句話，而中國官媒自此也反覆以「協奏曲」來形容一帶一同獲多國支持，其決策多國參與討論，而非中國主導。同時，校方又會從這個課程挑選優秀的學生參加中國交流團，到中國考察，但同樣地，表面上中國政府好像只是協辦，但參加了的學生說他們一開始就獲告知交流團中國政府舉辦。
必須強調，對捷克來說，他們的學生多點認識中國，不是壞事，而曾上該課程的學生的看法也是好壞參半，有學生不覺是洗腦，但問題在於中國政府的秘密之手，不直接向大學轉賬，只會令人增加疑慮，是否有不可告人的目的？透明度低也衍生很多問題，例如對大學來說，Balaban有否利用自己的私人公司暗底裏從舉辦這些活動而獲得私利？
在10月中旬，查理斯大學剛好發生另一項爭議，校方原本考慮貸款公司Home Credit的贊助，每年50萬捷克克朗（約17萬港元／65.5萬新台幣／15萬人民幣）。此事引起極大爭議，因為Home Credit屬於富商Petr Kellner的PFF集團，除了貸款公司的形象有問題之外，Home Credit及PFF很多其他屬下公司有大量中國業務，十多年前已進軍中國，當時獲中國政府協助下成功打入中國市場，因此大家很合理地懷疑，一旦收這筆捐款，Kellner會施壓阻止校方一些批評中國的研究活動。
查理斯大學不單是捷克最大、最享負盛名的大學，而且創立於1348年，是中歐最古老的大學，在整個中歐地區的地位都很高。
有趣的是，查理斯大學有兩個跟「中國」有關的研究中心，一個是似乎親北京的捷中中心（下面是該中心的活動的照片，來自該中心網站），另一個是較早創立的「蔣經國國際漢學中心」，由蔣經國國際學術交流基金會資助，較親臺（文首圖片為這個中心一個活動的宣傳海報，來自該中心網站）。事實上，查理斯大學內研究中國及漢學的學者，不少是對中共政權持強烈批評態度。